本发明涉及一种磁悬浮轨道三维场景快速重构系统、方法及应用，所述重构系统包括：移动载体平台，该移动载体平台横跨于磁悬浮轨道上；传感器模块，用于采集磁悬浮轨道点云数据；导航模块，用于获取移动载体平台移动的位置和姿态参数；GPS时钟，用于提供时间信息；路由器，用于实现数据通讯；工控机，分别连接路由器和导航模块，用于根据接收的数据进行磁悬浮轨道的三维场景重构；其中，所述传感器模块包括一套第一激光扫描仪和两套第二激光扫描仪，所述第一激光扫描仪用于采集磁悬浮轨道上方点云数据，所述第二激光扫描仪用于采集磁悬浮轨道两侧及定子线圈点云数据。与现有技术相比，本发明具有重构准确、提高监测质量等优点。