本发明提供一种蛋白质药物辅料筛选方法。本发明的蛋白质药物辅料筛选方法包括：提供一种治疗性蛋白以及该治疗性蛋白的多个候选辅料，采用AutoDockTools软件与AggreScan在线软件对辅料与治疗性蛋白之间的解离能量值以及辅料与治疗性蛋白的可能结合位点进行分析，对多个候选辅料进行筛选，筛选得到的结果与常规稳定性实验的结果具有很好的对应关系，证明本发明的蛋白质药物辅料筛选方法的筛选结果稳定可靠，并且该方法操作简便，耗时短，每次辅料筛选仅需1‑2天。