本发明实施方式提供一种多无人机协同对抗的控制方法、系统及存储介质，属于无人机的决策技术领域。控制方法包括：获取第一无人机编队的无人机数量、第二无人机编队的无人机数量、每个第一无人机的状态和每个第二无人机的状态；根据第一无人机的数量、第二无人机的数量、每个第一无人机的状态和每个第二无人机的状态计算每个第一无人机相对于每个第二无人机的优势值，以构成第一无人机编队相对于第二无人机编队的优势矩阵；建立多无人机协同目标分配模型；根据优势矩阵和多无人机协同目标分配模型进行求解以计算出第一无人机编队的最优协同目标分配方案；根据最优协同目标分配方案控制第一无人机编队对抗第二无人机编队。