本发明公开了假小链双歧杆菌CCFM1046、其组合物、发酵食品、用途、菌剂及其菌剂制备方法，假小链双歧杆菌CCFM1046能耐受人体胃肠环境，显著改善高脂饮食导致的代谢综合征小鼠肝脏甘油三酯含量的升高；缓解代谢综合征小鼠体重上升；显著改善代谢综合征小鼠的空腹血糖及口服糖耐量异常，降低葡萄糖耐量药时曲线下面积，提高血清胰岛素水平；显著改善代谢综合征小鼠由于高脂饮食导致的血清中低密度脂蛋白胆固醇含量升高；显著改善高脂饮食导致的肠道内Proteus属的升高，用于制备缓解代谢综合征、减少帕金森，肠道感染及尿路、肾脏感染等疾病发生的药物组合物与发酵食品，具有非常广泛的应用前景。