本发明公开了一种包含红曲霉的微生物菌剂，所述微生物菌剂的制备方法包括如下步骤：(1)将预混合固体发酵培养基用水充分溶解；(2)在步骤(1)制得的发酵液中加入0.01～1‰预复配的固体微生物复合菌剂，用氢氧化钠调节pH5～8，搅拌均匀并用盖子将容器盖好密封；其中0.01～1‰是以水溶解后的预混合固体发酵培养基溶液为基准；(3)在25～40℃的温度下发酵5～9天，最后添加10～30wt％的玉米生化黄腐酸，即得所述微生物菌剂。本发明微生物菌剂，用于土壤修复与改良，对土壤孔隙度等有明显的改善。