本发明提供了自容式潜标的控制系统和自容式潜标，包括：第一信号调理器、微控制单元MCU和换能器，第一信号调理器用于在预设时间内检测水中的第一声音信号，如果没有检测到第一声音信号，则向MCU发送第一控制指令信号；如果检测到第一声音信号，则将第一声音信号发送给换能器；换能器用于将第一声音信号转换为第一电信号，以使第一信号调理器将第一电信号进行放大和滤波，得到唤醒信号；MCU用于根据第一控制指令信号控制自容式潜标进入低功耗模式，或者根据唤醒信号使自容式潜标进入正常工作状态，可以进行低功耗模式和正常工作状态的切换，从而在潜标系统进入低功耗模式的情况下，降低潜标系统的功耗，提高潜标系统的使用寿命。