本发明公开了一种PWM方式吸肥管道流量检测系统及控制方法，包括主水管、混合腔、EC/PH传感器、减压电磁阀、第一施肥管道、第二施肥管道、文丘里吸肥器、肥液桶、过滤器、流量计、吸肥电磁阀、施肥泵、单向阀和控制系统。本发明根据各通道间流量需精确测量的需求，构建了PWM方式吸肥管道流量检测系统，根据文丘里吸肥器、电磁阀和PWM控制方式下的霍尔流量计的脉冲特性，设计了不同时间段流量检测和计算方法，得到了每个周期精确的流量值。本检测系统设计新颖，控制系统精确可靠，检测快速，具有较好的经济价值和社会价值，有良好的应用前景。