本发明涉及自动化养殖技术领域，特别是涉及一种跛牛识别及自动分群方法及其系统，其方法包括：采集牛在行走过程中肢蹄运动图像；根据肢蹄运动图像，获取牛在某一时刻的前蹄落脚点与后一时刻同侧的后蹄落脚点之间的检测偏移量；根据检测偏移量判定牛的状态，并控制分群门的开闭，以驱使牛进入对应的分群通道。其系统包括：图像采集装置、图像识别装置、主路通道、分群通道和分群门。本发明通过前、后蹄落脚点之间的偏移量来判断该牛为跛牛还是正常牛，并控制分群通道的分群门开闭状态，以将跛牛和正常牛隔离分群，兽医可以对隔离出来的跛牛进行及时诊断，给后续牛蹄病诊断提供便利。