本发明涉及内燃机车电传动系统，具体为内燃机车电传动系统及其辅助滤波柜。解决现有内燃机车的辅助滤波柜因安装位置发生变化且安装空间受到限制，辅助滤波柜的结构及其内部件的选择需重新设计的问题。本发明在重新设计辅助滤波柜的过程中，创造性地与牵引辅助变流器进行功能及结构上的综合考虑，进行统筹的部件布置。将变流器的冷却系统用风机和散热器放置在辅助滤波柜内，辅助滤波器的滤波电容、接触器及断路器设置在牵引辅助变流柜内，减少了变流柜内的大部件的空间占用，使变流器的布局更加合理，也借助变流器的冷却风机为辅助滤波器的变压器和电抗器进行强迫风冷，变压器和电抗器选型设计上由自冷改为风冷。