本发明公开一种长牡蛎EF‑1α启动子及其重组载体和应用。本发明提供的EF‑1α启动子是一种高表达的看家基因启动子，并且其在长牡蛎胚胎发育早期即可表达。具体表达为：设计特异性引物，扩增长牡蛎EF‑1α基因启动子片段，利用In‑Fusion连接将启动子片段插入含GFP报告基因的载体，将此重组载体导入长牡蛎受精卵中可高效驱动GFP报告基因在长牡蛎胚胎及幼虫中表达。本发明获得了长牡蛎通用型的高效启动子序列，为推动长牡蛎CRISPR/Cas9靶向基因编辑技术的发展提供了重要的技术基础。