本发明公开了一种用于微机电系统传感器的高精度交互两级估计算法，包括步骤1，建立具有未知输入扰动的线性离散时间随机系统模型；步骤2，构建与未知输入解耦的广义传感器偏差模型；步骤3，重构系统模型；步骤4，计算状态预测量及其协方差步骤5，计算中间变量rk、校正预测变量βk+1|k，校正辅助变量Dk+1|k；步骤6，计算偏差预测量及其协方差增益辅助变量偏差增益偏差更新估计及其协方差步骤7，计算校正更新变量βk+1|k+1；步骤8，计算状态增益状态更新估计及其协方差步骤9，计算修正偏差更新估计及其协方差本发明解决了含有未知输入的系统滤波性能低以及含有相关噪声的系统估计精度低的问题，能够降低计算成本，提高系统的计算性能。