本申请公开了一种摆渡式轨道交通乘降系统及运行方式，包括车站区域、摆渡区域以及摆渡装置；所述车站区域包括站厅层、出发层以及到达层，所述站厅层与所述出发层连通；所述摆渡区域包括站台层、进站层以及出站层，所述站台层包括至少一条供列车通行的轨道以及与所述轨道对应的基本站台；所述摆渡装置包括摆渡车以及多个牵引装置；所述进站层与所述出发层通过所述摆渡车连通；所述摆渡车在所述进站层或所述出站层内载客移动；所述牵引装置用于牵引所述摆渡车在所述进站层与所述出站层之间、所述基本站台与所述出站层之间、以及所述基本站台与所述进站层之间切换。本申请的一种摆渡式轨道交通乘降系统及运行方式，具有高效且省时的优点。