本发明提供了一种胶囊内窥镜系统及其自动帧率调整方法及计算机可存储介质，所述自动帧率调整方法包括：接收胶囊内窥镜的第一加速度传感器所感测到的第一加速度信息ac(t)；接收体外设备的第二加速度传感器所感测到的第二加速度信息am(t)；计算比较第一加速度信息ac(t)和第二加速度信息am(t)获得胶囊内窥镜和体外设备之间的相对运动幅度statem(t)；根据相对运动幅度statem(t)的大小调整胶囊内窥镜的摄像头的拍摄帧率，其中，相对运动幅度statem(t)越大，摄像头的拍摄帧率F0(t)就越大。本发明中，在胶囊内窥镜及体外设备上分别安装加速度传感器，从而检测胶囊内窥镜及人体的加速度信息，进而即可有效判断两者的相对运动幅度。并且，通过相对运动幅度来调整拍摄帧率，可有效排除人体运动的干扰。