本发明属于生物技术领域，具体涉及一种基于FRET的融合蛋白、荧光纳米颗粒及其应用。该融合蛋白包括病毒结构蛋白，所述病毒结构蛋白能自组装成病毒样颗粒；和能实现荧光共振能量转移的供体‑受体对。本发明还提供一种病毒样荧光纳米颗粒由该融合蛋白组装得到，所述荧光纳米颗粒在提高FRET效率的同时，还极大提高了其作为荧光探针功能过程中的荧光信号输出量，在提高检测的灵敏度和稳定性的同时降低背景值提高信噪比；在应用时可直接与靶向性配体相连，可以保证荧光蛋白对的FRET效果，稳定性好，灵敏度高，使得实验结果误差减小，实验结果更贴近真实。