本发明公开了一种面向调峰的微电网差异化调度控制系统及其方法，该系统包括多个微电网，各微电网的内部热网分别连接换热器与公共热网一级管网连接；包括串接于公共热网一级管网上的热电厂和第一循环泵；各微电网的内部电力线通过联络线与公共电网一端连接，公共电网另一端并行连接集中式风力发电系统、集中式光伏发电系统、热电厂；调峰辅助服务中心与各微电网通信连接；各微电网设置有与调峰辅助服务中心通信连接的微电网调控中心。本发明根据微电网之间热、电调节容量的差异性，及微电网之间空间分布的差异性，选择满足条件的微电网进行控制；整个系统提高了控制精度，进一步挖掘了微电网的调峰潜力，提高了绿色能源的消纳量，减少了调峰成本。