本发明适用于牦牛基因功能挖掘技术领域，提供了一种检测牦牛RNA编辑位点的方法及装置，该检测方法包括以下步骤：获取待测样品的RNA，并去除待测样品的RNA中的rRNA；将剩余的RNA转录成cDNA，并对cDNA进行高通量测序，获得RNA-seq数据；根据RNA-seq数据对待测样品在不同组织和/或不同环境的cDNA基因型进行鉴定，获得待测样品的cDNA基因型和RNA表达量；根据待测样品的cDNA基因型以及待测样品的RNA表达量，确定待测样品的RNA编辑位点，最后通过RNA编辑位点的蛋白编码能力改变鉴定RNA编辑位点的变异能力，确定有效变异的RNA编辑位点。本发明利用表达量对候选位点进行过滤，使结果更加可信，以排除假阳性位点，提高了预测RNA编辑位点的准确性。