本申请公开了一种测序仪激光扩束器的调试方法及装置，调试方法，检测激光扩束器发射激光的同一个焦面上若干位置的激光光强值；根据若干个位置的激光光强值计算出扩束器的偏离系数，并计算出调节角度值；根据计算出的调节角度值调节激光扩束器上的调节旋钮，进行对焦调试。由于检测发射激光在同一焦面上的不同位置的光强大小，再通过进行计算分析得到激光光强的均一性，并且计算出调节的角度值，调试人员可根据计算出的调节角度值对测序仪激光扩束器进行对焦调节，实现测序仪激光扩束器的均一性调试，本调试方法及装置借助设备完成，调试的精度高和效率高。