本发明公开了一种跨水库流域河道径流演算方法和系统，属于水力学与河流动力学领域，所述方法包括：以控制性水库为分界点，对跨水库流域河道进行划分，确定相邻两个控制性水库之间为一个河段；基于划分的河段以及所述河段区间的断面地形资料，确定模型边界并建立控制体，从而建立河段模型；以水库的调度规则连接所述水库上下游的河段模型，结合水量平衡原理，通过迭代计算得到所述跨水库流域河道的径流量。本发明方法考虑了多种因素对河道径流传播的影响，利用调度规则连接河段模型的方式，进行跨水库流域河道径流演算，解决了传统水力学无法跨水库进行径流计算的难题，同时完善了基于一维水动力学模型的河道径流演算方法。