本发明属于治疗性生物制剂领域，公开了一种高效制备长效干扰素的方法，所述的方法包括：(1)构建表达长效干扰素的重组载体；(2)将构建的重组载体转染CHO细胞，经过多次筛选获得高表达克隆池；(3)从获得的高表达克隆池中筛选高表达单克隆CHO细胞株；(4)高表达单克隆CHO细胞株发酵培养，并进行目标蛋白的纯化和检测。本发明通过多轮筛选高表达克隆池、进一步筛选高表达单克隆细胞株的方式，结合改进的纯化方法，大大提高了半衰期延长的长效干扰素的产量，且步骤简单，有利于长效干扰素的扩大生产及应用。