本发明提供了一种高数值孔径水浸/油浸物镜系统及显微镜扫描系统，高数值孔径水浸/油浸物镜系统，包括可移动物镜座、固定于可移动物镜座的高数值孔径水浸/油浸物镜以及固定于物镜下方的盖玻片，所述盖玻片和物镜镜片之间能够充满水或者油。一种显微镜扫描系统，包括成像系统，所述成像系统包括上述高数值孔径水浸/油浸物镜系统。水浸物镜或者油浸物镜与盖玻片之间的水或者油在扫描过程中相对于物镜不运动，这样既避免了扫描过程中在水或者油内部产生气泡，影响成像效果，又可以不用每次更换玻片都清理水或者油，降低了系统操作的复杂性。尤其是解决了高数值孔径的油镜物镜清理难的问题。