本发明实施例提供一种生物质废弃物发酵热能控制系统及控制方法，生物质废弃物发酵池设置供热管道，利用热水循环加热生物质废弃物，生物质废弃物发酵池内设置温度检测装置，温度检测装置将检测的生物质发酵池内的实时温度，PID控制器根据输入的实时温度，对生物质发酵池内的温度进行控制调节，使得生物质发酵池内的温度保持恒定。本发明实施例提出生物质废弃物发酵制取沼气综合利用模式，建立了生物质废弃物发酵系统热能控制模型，提出了改进入侵杂草算法PID控制方法，所提出的改进入侵杂草算法PID控制方法具有收敛速度快，全局搜索能力强的特点，能够对生物质废弃物发酵过程所需热能进行快速稳定的控制，实现沼气的稳定供应。