本发明公开了一种中低速磁浮列车悬浮控制器在线编程方法，包括上位机端控制方法和悬浮控制器端控制方法，上位机端和悬浮控制器端之间通过CAN总线进行交互。本发明利用悬浮控制箱与列控系统的CAN总线通讯方式，在车内操作上位机端，对多个目标悬浮控制器DSP的程序同步进行在线编程操作，在不开箱的前提下，保证数据传输的安全性和稳定性；上位机端反编译DSP程序为FLASH可识别的二进制数据，简化了DSP程序开发过程，实现多个悬浮控制器并行同步完成在线编程，N个悬浮控制箱在线编程耗时约等于单个悬浮控制箱的耗时，提高在线编程效率。