一种大豆GmST1基因突变体植株及其制备方法，属于植物生物技术领域。本发明为了明确大豆抗花叶病毒相关基因的抗病功能，提出了一种大豆GmST1基因突变体植株的制备方法，包括如下步骤：根据大豆GmST1基因设计gRNA单靶点引物；制备gRNA单靶点引物二聚体；将引物二聚体插入到Cas9/gRNA载体中，构建大豆GmST1基因敲除载体；将步骤3)构建的GmST1基因敲除载体转化大豆，经筛选获得大豆GmST1基因突变体植株。本发明确定了GmST1能够参与到抗大豆花叶病毒病的抗性反应中，为大豆抗花叶病毒相关基因功能的研究提供了理论依据。