本发明公开了一种永磁同步电机磁极极性辨识的可靠性优化方法及系统，方法包括通过脉振高频电压信号注入法获得转子初始磁极位置信息，从永磁同步电机直轴的正反方向各注入一个脉冲电压信号获得直轴正反方向的电流采样数据；基于电流采样数据，对滑动窗口的长度进行设定，对电流采样数据进行特征值计算；从两列特征值序列中选取比较值进行特征值大小的比较，特征值大者为N极，特征值小者为S极。本发明提供的永磁同步电机磁极极性辨识的可靠性优化方法可以扩大直轴正反方向电流脉冲峰值间的差额，基于永磁同步电机定子铁芯磁饱和非线性原理，在电流谐波大的工况环境下，依然可以稳定辨识出永磁同步电机的转子磁极极性，可靠性得到优化和提升。