本发明提供了一种六氟-1，3-丁二烯异构化重排控制与提纯方法，包括如下步骤：S1：水洗塔脱酸；S2：吸附塔脱水；S3：催化转化塔控制同分异构体定向转化为六氟丁二烯；S4：精馏塔系统分别脱除轻组分杂质与重组分杂质；S5：吸附塔深度脱除残留的痕量杂质，其中，步骤S3中催化转化塔的形式为固定床反应器，内置的催化剂为铱钳催化剂。本发明所述的方法使六氟丁二烯的纯度达到99.99％以上，其中关键氟碳杂质可以控制在100ppm以内，满足半导体微电子工业中对电子特气的要求。