本发明公开了一种舒更葡糖钠分子内硫醚杂质的合成方法，包括以下合成步骤：S1.以八-(6-溴-6-去氧)-γ-环糊精为原料，在所述原料和极性溶剂中加入硫化物进行反应，反应完成后将反应液进行减压蒸干，并加入极性溶剂进行溶清，加入2-丁酮和溶剂，再依次进行析晶、过滤、减压蒸干和纯化处理，得到中间产物；S2.将3-巯基丙酸加入到氢氧化钠水溶液中，再加入经极性溶剂溶解后的所述中间产物进行反应，反应完成后加入溶剂和极性溶剂，再依次进行析晶、过滤、洗涤和烘干处理，得到最终产物，即舒更葡糖钠分子内硫醚杂质。本发明的有益效果是，合成过程简单，便于操作，反应条件温和，反应产物收率高。