本发明提供一种基于表面微观结构特征差异对烟叶进行分切的方法，将烟叶去除叶柄后沿纵向平均分切区位，并在每个区位上采集多个细胞形状和间隙清晰的视野，对每个视野中的表面微观结构特征指标进行量化，并得到每个区位的表面微观结构特征指标的标准化处理结果，利用Fisher最优分割法，计算获得烟叶不同区位间的差异程度，计算得到最小目标函数，并绘制不同分类数最小目标函数值的变化曲线，并根据曲线的拐点确定最优分切段数。最后利用整体感官品质检验分割法对烟叶进行分切的合理性，为烟叶分切后的差异化打叶复烤加工与科学利用提供了参考。