本发明提供一种磷霉素壳聚糖杂合盐及其制备方法，该磷霉素壳聚糖杂合盐，由磷霉素的两个羟基与同链壳聚糖分子上的氨基成盐得到，或由磷霉素的两个羟基与不同壳聚糖链上的氨基成盐得到。本发明提供的磷霉素壳聚糖杂合盐是以左磷右胺盐为起始原料，经过氢氧化钠溶液游离出磷霉素钠、阳离子交换作用制备得到磷霉素酸溶液后再与不同分子量的壳聚糖进行反应、精制制得磷霉素壳聚糖杂合盐。本发明的制备工艺可以得到不同分子量段级的磷霉素壳聚糖杂合盐类，依据壳聚糖分子量的不同，杂合盐类可以有不同的水溶性，其生物活性优良，可以用作不同途径的抗菌治疗。