- 专利标题: 一种基于Pacbio数据的MSI微卫星不稳定性检测方法和系统
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申请号: CN202010207692.2申请日: 2020-03-23
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公开(公告)号: CN111370063A公开(公告)日: 2020-07-03
- 发明人: 王树伟 , 肖云平 , 史贤俊 , 林博 , 顾胤聪
- 申请人: 上海欧易生物医学科技有限公司
- 申请人地址: 上海市闵行区漕河泾浦江园区新骏环路138号2幢402室
- 专利权人: 上海欧易生物医学科技有限公司
- 当前专利权人: 上海欧易生物医学科技有限公司
- 当前专利权人地址: 上海市闵行区漕河泾浦江园区新骏环路138号2幢402室
- 代理机构: 上海德禾翰通律师事务所
- 代理商 陈艳娟
- 主分类号: G16B30/00
- IPC分类号: G16B30/00
摘要:
本发明提出了一种基于Pacbio数据的MSI微卫星不稳定性检测方法,包括以下步骤:步骤一:测序错误的校正,利用ccs软件将Pacbio测序结果的subreads校正为CCS序列,min-passes>=10;步骤二,检测MSI-PCR上下游引物的位置,并提取产物序列;步骤三,根据MSI核心区域旁邻20bp的特异性序列,进一步提取产物序列中的核心序列;步骤四,旁邻特异性序列是反向比对的,需要对核心序列进行反向互补转化;步骤五,根据给定的microsatellite motif,检测产物序列或核心序列中motif的重复次数以及motif之间的嵌合序列;步骤六,筛选重复次数>=3的motif,保留它们之间的嵌合序列,作为MSI序列;步骤七,统计全部MSI序列的频次和频率,过滤频率小于5%的MSI序列;考虑到肿瘤的异质性,肿瘤组织样本可以放宽过滤阈值。
公开/授权文献
- CN111370063B 一种基于Pacbio数据的MSI微卫星不稳定性检测方法和系统 公开/授权日:2021-09-10