本发明涉及一种代谢改造酿酒酵母降低黄酒中氨基甲酸乙酯含量的方法，属于发酵和生物技术领域。其代谢改造的过程包括酿酒酵母CAR1基因敲除组件的构建、酵母转化、阳性克隆子筛选、黄酒酿造验证试验等步骤。以以酿酒酵母尿嘧啶缺陷型为筛选标记，构建精氨酸酶编码基因CAR1的敲除组件，通过同源重组获得敲除了CAR1基因的酵母工程菌。该工程在进行黄酒发酵试验时，能够减少发酵液中尿素和EC的含量，提高黄酒饮用的安全性。利用本发明获得的酵母工程菌为原养型菌株，代谢工程改造对其生长和发酵性能没有影响而且酵母工程菌的基因组不含外源基因，具有一定的生物安全性，更容易被大众所接受，具有潜在的应用可能性。