本发明提供了一种基于PCIe总线的通信方法及系统，应用在包含主控CPU、从设备FPGA、状态监控高可靠反熔丝FPGA、可控的主控CPU供电DC_DC模块，以及从设备FPGA启动程序存储芯片的通信系统中，方法包括：启动状态监控高可靠反熔丝FPGA、主控CPU，并建立从设备FPGA与主控CPU之间的PCIe连接；通过状态监控高可靠反熔丝FPGA对主控CPU和从设备FPGA之间的通信状态进行监控。从而通过状态监控高可靠反熔丝FPGA对整个PCIe总线通信系统状态监控、控制PCIe子设备与主设备的供电时序及系统重载，实现整个通信系统可靠性提升，并使系统具备故障恢复能力。