本发明公开了一种大型船舶船坞内多岛建造方法及应用，该方法包括以下步骤：S1划分大型总段，确定是否采用大型船舶船坞内多岛建造方法；S2：对大型船舶的大型总段重量计算，同时对可供使用的三维调整仪统计；S3：将待建大型总段进行划分，制定大型总段移位方案以及三维调整仪布置方案；S4：根据三维调整仪布置方案在大型船舶船坞内布置三维调整仪，完成大型总段的建造；S5：对三维调整仪不同步的情况进行布局调整，然后利用三维调整仪同步对所有大型总段进行总段移位后总装即可。解决了大型船舶超重的大型总段连续微移，实现不同顶升能力三维调整仪的协作，缩短建造工期。