本发明提供了一种多无人机立体充电系统及充电位置指派方法，包括以下步骤：S1：充电服务器建立三维矩阵P，记录在充电平台上每个充电位置的无人机数据；S2：当有充电需求的无人机接近所述充电平台时，通过所述无线通讯模块向所述充电服务器发送充电请求；S3：所述充电服务器获取有充电需求的无人机的剩余电量信息，计算其充电时间，按照从底层到顶层充电时间由长到短的规律，遍历所述三维矩阵P的数据，如果在所述三维矩阵P中寻找到最佳充电位置，则安排有充电需求的无人机到达充电位置充电，如果所述充电平台已达到最大容量，将无法安排的信息传递回有充电需求的无人机。充电服务器的统筹安排，既提高了充电效率，也提高了无人机的使用效率。