本发明属于海洋石油工程领域，尤其涉及一种海管横移小车的同步定位的控制系统及控制方法，所述海管横移小车的同步定位的控制系统包括电气控制模块、液压控制模块以及驱动单元；所述驱动单元包括至少两台安装在横移小车上的液压马达；所述液压控制模块包括电比例换向阀、电磁阀、液压分流器以及配套的液压管路及液压附件；所述电气控制模块包括控制单元、主令开关和传感器组。本发明提供一种可以对海管通过横移小车在横移区自动同步定位控制，避免了产生累积误差，以及累积误差带来的人为手动纠偏调整，从而提高了整个横移设备可靠性和工作效率，降低了设备操作难度和海上铺管作业成本的海管横移小车的同步定位的控制系统及控制方法。