本发明公开了一种基于高通量测序的拟杆菌快速检测方法及应用，属于分子生物学技术领域。本发明通过分子生物学方法获取一段具有高度分辨率的核心基因片段rpsD基因为筛选标记，可实现拟杆菌的高通量鉴定，无需分离纯化即可全面鉴定复杂样品中的拟杆菌的组成，分辨率高于16S rRNA基因片段。通过基于rpsD基因的特异性引物扩展的目的条带约为500bp，比传统鉴定方法节约50％以上的拟杆菌鉴定成本。将设计得到的引物与高通量测序结合，可以对粪便样品中拟杆菌的分布进行精确鉴定，并可以鉴定出现有报道的所有拟杆菌种，对拟杆菌种的鉴定准确率达100％。