本发明公开了一种基于单信标的水下滑翔机定位系统及方法。定位系统包括水下滑翔机内的定位声学接收模块、定位处理模块、压力传感器、姿态传感器和卫星接收模块，以及一个部署于海底或海面的定位信标。首先单定位信标以固定时间间隔发送包含经纬度和高程信息的定位报文，水下滑翔机侦听并解析定位报文，结合报文信息和节点姿态信息建立状态向量、测量向量以及相应的状态方程和测量方程，利用扩展卡尔曼滤波，计算得到估计的水下移动节点位置。本方法对水下滑翔机进行定位时，无需水下滑翔机与信标保持时钟同步，且无需装备速度仪。