本发明公开了一种淀粉基结肠靶向控释晶体包合物及其制备方法。该制备方法对原淀粉进行糊化、完全酶解脱支，以及醇沉分级得到螺旋糊精，将所得螺旋糊精完全溶解，冷却至80～100℃，在全程通氮气以隔绝氧气的条件下加入预热至80～100℃的脂溶性营养素乙醇溶液，恒温搅拌，反应完全后将混合液以0.49‑0.59℃/h降温速率缓慢冷却至室温结晶5～7天。本发明首次通过共结晶技术对螺旋糊精/脂溶性营养素包合物进行共结晶沉淀，包合物能够抵抗胃与小肠的消化吸收，实现脂溶性营养素在结肠靶向释放。本发明以天然多糖高分子为原料，价廉易得，生物相容性好，拓宽了淀粉的应用领域，在结肠靶向控释载体方面具有重要的应用价值。