本发明涉及一种基于异层JTL布局布线的超导集成电路设计方法，包括以下步骤：对单元库的单元数据接口进行割分偏置圈的处理，并留出通孔的位置；按照电路逻辑原理图对逻辑单元层上的单元进行布局摆设；采用逻辑单元层的JTL和分路单元进行每个单元的时钟线连接；使用位于与所述逻辑单元层不在同一层的横向JTL布线层和纵向JTL布线层的JTL对每个单元进行数据连接，其中，所述横向JTL布线层的JTL作为单元之间数据横向的布线单元，所述纵向JTL布线层的JTL作为单元之间数据纵向的布线单元，上层的JTL与下层的单元数据接口的位置通过调用通孔实现连接。本发明解决了JTL不利于布线的缺点。