本发明公开了一种基于粒子群的认知水声通信系统功率分配方法，所述方法包括：根据实际应用场景的物理模型建立认知水声通信系统模型；构建以系统能耗最小化为目标，包含有多个约束条件的优化问题；结合约束条件和目标函数构建基于粒子群算法的认知水声通信系统功率分配问题的适应度函数；根据粒子群算法，不断更新粒子的速度和位置信息，经过多次迭代求解出上述优化问题的最优解。本发明通过确立以系统能耗最小化为目标的优化模型并利用适当的条件对节点的发射功率进行约束，有效降低了系统的能耗的同时，还提升了系统的通信性能，提高了频谱利用率。