本发明公开了一种表达羧肽酶G2的基因工程菌及其制备方法和应用。所述的基因工程菌为大肠杆菌(Escherichia coli)中同时表达SUMO蛋白标签和羧肽酶G2基因的基因工程菌，表达所述SUMO蛋白标签的SMT3基因位于表达所述羧肽酶G2的CPG2基因的上游。利用本发明的基因工程菌进行CPG2的制备，具有表达效率高、表达量大、成本低且易操作等特点，且所表达的重组CPG2蛋白纯度高(可高达99.1％)、活性高(可高达1792U/mg)，具有良好的产业化应用前景。