本申请公开了一种飞行器控制系统的稳定性判别方法和判别系统，所述飞行器控制系统用于多个舵机的控制，所述稳定性判别方法包括以下步骤：监测每个所述舵机的控制角δi；根据监测到的所有所述舵机的控制角δi，换算所述舵机的控制角δi为所述飞行器控制系统的惯量中心坐标系下的相对控制角θi；根据所有所述舵机的相对控制角θi，合成欧几里得范数R，并求解所述欧几里得范数R的一阶导数；根据所述一阶导数判断所述飞行器控制系统是否稳定。本申请能够快速准确对多舵机运行场景下的飞行器控制系统的稳定性进行判断，以向飞行器控制系统后续的控制措施提供依据。