本发明涉及体外诊断试剂检测领域，更具体地，涉及一种基因分型芯片的自动化检测系统所述检测系统包括：杂交温控组件、移液组件、移动导轨和杂交清洗组件；所述杂交温控组件包括基因分型芯片容器，所述基因分型芯片容器内可水平放置基因分型芯片膜条；所述移液组件包括设置在同一直线方向上依次排列的针头抛弃窗、针头转盘、PCR产物中转盘和图像获取装置；所述杂交清洗组件包括加液机构和杂交清洗机构。本发明的有益效果在于：本发明检测系统可以实现快速、方便的吸取和加样。本发明基因分型芯片的自动化检测系统实现自动杂交与检测，保证检测步骤的连续性，人工介入工作量较小，并提高了检测效率。