本发明属于水下声学定位技术领域，公开了一种海底应答器定位方法、系统、存储介质及应用，精确测量GNSS天线和换能器之间的相对位置，测量船在海面上持续走航，GNSS对各时刻GNSS天线进行定位，利用GNSS天线和换能器之间的相对位置关系计算得到各时刻换能器坐标；根据声速信息和不同历元下声学信号传播时间数据，计算不同历元下换能器和水下应答器之间的斜距；构建联合海面换能器-海底应答器整体平差函数模型，对整体平差函数模型进行等效变换消参解算，基于最小二乘原理确定海底应答器准确位置。本发明结合水下定位实际，构建整体平差函数模型和相应参数估计，提供一种基于GNSS/声学技术的海底应答器高精度定位方法。