本发明公开了一种陀螺安装矩阵的在轨标定方法及星载软件，所述标定方法包括:获取卫星在第一工况下的第一期望角速度在轨遥测数组，记为{ω1or1，ω1or2…ω1orN}；获取陀螺在第一工况下的第一实测角速度在轨遥测数组，记为{ω1ob1，ω1ob2…ω1obN}；获取卫星在第二工况下的第二期望角速度在轨遥测数组，记为{ω2or1，ω2or2…ω2orN}；获取陀螺在第二工况下的第二期望角速度在轨遥测数组，记为{ω2ob1，ω2ob2…ω2obN}，其中，陀螺安装在卫星上；根据第一期望角速度在轨遥测数组、第一实测角速度在轨遥测数组、第二期望角速度在轨遥测数组以及第二期望角速度在轨遥测数组计算得到安装矩阵；根据安装矩阵计算得到与安装矩阵对应的安装四元数，其中，陀螺测量结果可根据安装四元数重新计算卫星角速度，以减小陀螺在卫星上的安装偏差。