本发明公开了一种煤焦油与生物质油混合加氢制备汽柴油的方法及工艺系统，属于石油化工能源技术领域。本发明通过先将煤焦油经过催化加氢得到加氢预处理的煤焦油体系，然后将加氢预处理的煤焦油体系与生物质油脂混合得到混合油体系，继续对混合油体系进行催化加氢后，经精馏处理，得到汽柴油产物；其中，加氢预处理的煤焦油体系经过催化加氢形成供氢溶剂，利用氢自由基对生物质油脂进行加氢脱氧。本发明所述其系统，设置了分阶段的若干反应器，实现分段催化加氢反应的进行，并将煤焦油进行加氢预处理后与生物质油脂混合催化加氢。本发明相比于单一原料加氢技术，加氢速度快、结焦影响小，原料适应性也得到提高。