本发明涉及永磁同步电机技术，提供了一种电机转子参考零位偏差校正方法及系统。该方法通过当永磁同步电机处于静止状态时，基于永磁同步电机的相关参数获取永磁同步电机的d轴第一电压值，基于电机的电气模型，控制电机的q轴电流为0，控制电机的d轴电流处于第一预设值之内，采集电机的d轴的预设数量的第二电压值，基于第二电压值及第二计算规则计算得到电机的第三电压值，判断第三电压值的绝对值是否大于第一电压值的绝对值，若是，基于预设的调整规则对电机的转子参考零位执行校正操作，若否，停止校正并基于第三计算规则得到电机的转子目标参考零位。本发明可以高效地电机转子参考零位偏差进行校正，提高电机控制效率。