本发明涉及一种载鱼油或藻油微胶囊及其制备方法和用途，所述载鱼油或藻油微胶囊包括包埋鱼油或藻油的壁材，所述壁材包括海藻酸钙、明胶和保护剂，所述制备方法将目标质量比例为(5～7):(1～2):(1～2)的海藻酸钠、明胶和保护剂溶于去离子水中，并采用将喷雾干燥法和离子固化法相结合的方式，制得所述载鱼油或藻油微胶囊，可以用于制备食品或保健品。本发明所述载鱼油或藻油微胶囊的壁材不仅能够将鱼油或藻油与氧、光、热等环境因素隔离开，还具有价廉易得、兼具保健功效、生产成本低、适于广泛推广和应用的优点；采用本发明所述制备方法得到的载鱼油或藻油微胶囊，不仅球形规整，还具有粒径分布均一且粒径为30～70μm的优点。