本发明涉及一种DNA编码化合物库构建中的由On‑DNA芳基化合物和醛基化合物，或On‑DNA醛基化合物和芳基化合物经两步反应制备On‑DNA芳基苄位取代化合物的方法，该方法以On‑DNA芳基化合物和醛基化合物，或On‑DNA醛基化合物和芳基化合物为原料，在碱的作用下生成式I或III所示化合物，之后在1,4‑二氢‑2,6‑二甲基‑3,5‑吡啶二甲酸二乙酯和酸的作用下生成式II或式IV所示化合物。该方法加入的试剂种类少，不引入金属类试剂，后处理简单，环境友好，且能够大规模的引入醛作为合成模块，适合使用多孔板进行的DNA编码化合物库的合成。