本发明提供了一种用于高盐榨菜废水预处理的方法和系统，该系统包括格栅、调节池、循环反应池、中间罐和沉淀池。该方法通过对循环反应池中悬挂填料上的嗜盐复合菌进行强化，使填料表面附着生长的复合菌剂和悬浮生长的活性污泥的两种微生物能在系统中共存，去除榨菜废水中大部分的有机物和氨氮，净化后的废水再通过沉淀池进一步对悬浮物进行去除，能为后续的电渗析处理工艺减轻负荷，提高处理效率及减低运行成本。本发明所述方法具有微生物浓度高、抗冲击负荷能力强、处理有机负荷高、生物脱氮除磷能力强、预处理效果好、工程投资和运行费用低等特点。