本发明提供一种应用于铁路高架工程中岩溶区多桩基础的地质探测方法、系统和介质，探测方法包括在墩台投影范围内选取初始勘探的第一位置，布设第一探测孔进行雷达探测；获取异常点到第一探测孔的垂直距离作为异常距离；并以第一位置为中心，以测得的任意一个异常点的异常距离为截距绘制预设异常分布曲线；选取预设异常分布曲线与预期设置支撑桩的预期桩位的交点为第二位置进行验证探测。本发明的岩溶区多桩基础的地质探测方法可以通过最少的探测孔，完成异常点探测，能够合理优化钻探工作量，提高勘探质量，有效节省施工成本，经过实际验证，探测准确率高，效果好，具有较好的应用前景。